影響日本島津色譜柱性能的物理參數： (1)硅膠純度
硅膠純度和殘留金屬離子濃度，硅膠的雜質會影響化合物的峰形，硅膠表面的金屬含量高會影響堿性化合物的峰形，易發生拖尾。
(2)日本島津色譜柱尺寸
填料床的長度和內徑，增加日本島津色譜柱長度，可以在一定程度上提高柱效，但也會升高壓力和導致峰展寬；寬柱徑，提高載樣量，但也會增加橫向擴散，同樣會導致峰展寬。窄柱徑可以節約溶劑，可減少橫向擴散，但壓力較大，對系統要求較高。
(3)顆粒形狀及粒徑
球形顆粒柱效高、重現性好、柱床結構均勻，不規則形柱床結構不均勻、流動相線速度不均勻，容易譜帶展寬；平均顆粒直徑，粒徑越小，柱效越高，柱壓也越高。粒徑分布越廣則柱效越低，壓力越大。
(4)顆粒表面積
顆粒外表面和內部孔表面的總和，相對而言高表面積對樣品具有較強的保留能力，更大的柱容量和分離度。而低表面積能更快達到平衡狀態，更適合梯度洗脫程序。
(5)孔徑
顆粒的孔或腔的平均尺寸，大孔徑的填料顆粒可以延長大分子溶質在填料表面的滯留時間，改善分離，所以大孔徑填料適合分離大分子化合物或者水動力體積較大的分子。
如果日本島津色譜柱不使用，又該如何進行保存呢？下列方法可供參考：
在柱二端包起來，放到盒子里室溫避光保存。毛細管柱可以用廢舊的隔墊裁成二塊，分別插在毛細管二段。填充柱用小塑料袋套住，再用細金屬絲扎起來。因為分析室有許多化學試劑，特別在櫥內會有些氣味，這樣能較好保管色譜柱。放置時也要有序放置，毛細管柱還是用盒子裝好以免壓壞，在放置時在柱上和記錄本上都做好記錄。
拆下后，兩頭用橡膠墊密封，橡膠墊原本色譜盒子就帶有，如果沒有，用進樣墊制作一下就可以了，然后裝在原來的色譜盒子里面，備注上相應的信息。通常要求放在干燥的地方，下次使用時，切記進樣端和出口端不能裝反。
